ibdata1 en mysql muy grande - como reducir

Que ibdata1 no se está reduciendo es una característica particularmente molesto de MySQL. El archivo ibdata1 en realidad no puede ser reducido a menos que eliminas todas las bases de datos, los archivos y volver a cargar un dump.

Un manual muy útil encuentras aquí:

http://stackoverflow.com/questions/3456159/how-to-shrink-purge-ibdata1-file-in-mysql

y más info aquí:

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/innodb-data-log-reconfiguration.html